采用生物法技术去除有机污染物通常是最为经济的方式，抗生素废水处理一般都采用生物处理作为主体工艺，由于抗生素废水有机物浓度高，因此大多采用厌氧-好氧组合工艺

一、好氧工艺

  20世纪90年代初，氧化沟、接触氧化法在制药废水处理中得到了广泛的应用。氧化沟负荷低，可以获得优良的出水水质，但是占地面积大的缺点限制了它的进一步发展；接触氧化法具有较高的容积负荷，但是进水浓度不能太高，COD浓度不大于1000mg/L。到了90年代中期，SBR、ICEAS工艺引入国内抗生素废水处理中，取得了较好的效果。

二、厌氧工艺

目前，国内外处理高浓度生物制药主要采用厌氧法。20世纪80年代以来，随着以UASB为代表的第二代厌氧反应器和以IC为代表的第三代厌氧反应器的飞速发展，高效厌氧反应器很快在抗生素废水的处理中得到应用，目前国内生产规模应用较为成功的有青霉素、链霉素、庆大霉素等抗生素废水处理。

三、厌氧-好氧组合工艺

好氧生物法和厌氧生物法处理抗生素废水各有自己的优缺点，单纯的好氧或者厌氧工艺处理抗生素废水都有一定的局限性。厌氧工艺能够承受更高的进水有机物浓度和负荷，能够降低运行能耗，且可回收能源，但是出水COD仍然较高，难以达标排放；好氧处理工艺可以更彻底地降解废水中的有机物，但是高浓度有机废水直接进行好氧处理时，需要对原水进行高倍的稀释，同时消耗大量能源。从20世纪80年代起厌氧-好氧处理组合工艺逐渐成为主导工艺。厌氧处理段利用高效厌氧工艺容积负荷高、COD去除率高、耐冲击负荷的优点，能够较大幅度地消减COD总量，同时厌氧段还有脱色作用，这对于高色度抗生素废水的处理意义较大；好氧处理段的目的是保证达标排放。同时对于高氮、高COD废水，通过厌氧-好氧组合工艺还可以达到脱氮的目的。