医院废水可能含有各种潜在的有害物质包括致病微生物、放射性同位素、消毒剂、药物、化学物质和药品。医院污水处理设备的主要作用是尽可能的去除这些有害物质，避免造成重大的环境污染
腐烂的有机物和碎片可以消耗掉溶解氧，使鱼类和其他水生生物无法生存过量的营养物质，如磷和氮（包括氨），会造成严重的水华现象，废水进入环境，也可能对人类健康构成威胁,因此对医院污水处理的达标排放，是很有必要的。
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